На фото не видно, что где-то корни сгнили. Они нормальные по всей длине. Только веламен ссохся. Но спорить не буду.
Да, сделали неправильно. Гниль, если она присутствует, надо удалять до того, как растение поместить в тепличку. Если бы у вас было достаточно влажно (что и предполагает тепличка), то гниение только усилилось бы.
А так, в тепличку стоит помещать растение, если вообще нет корней. Ни одного. В остальных случаях лучше всего садить фаленопсис в тот грунт, к которому он привык. Создать ему комфортные для роста условия. Так растение испытывает меньше стресса, не истощается, и быстрее наращивает корни.
Нормальные на воздухе, конечно, вырастут. Только они не будут приспособлены к грунту и при посадке фаленопсису опять придется перестраиваться, приспосабливаться и стрессовать. Ну и от вас потребуется очень внимательное отношение к нему, чтобы и не залить не привыкшие к влаге корни, но и дать достаточно воды для развития.
Короче, чем быстрее вы посадите в кору фаленопсис, тем лучше и легче адаптируются вновь отрастающие корешки.